世界的中心，盖特皮亚，过去是无边无际的荒芜不断的魔境。　　女神从天而降，天空中出现了巨大的“门”。人们在“门”里发现了维持着世界的奇迹源"kirakuri"存在。　　随着岁月的流逝

《黑色孤儿》第二季将以Sarah不顾一切的寻找她失踪女儿Kira的故事开始。她以其焦土战术（军队撤退时摧毁一切敌军可利用之物）与支持克隆人的Rachel开战，使得所有克隆人都处于被分化和受到威胁的境地