故事发生在名为创圣学院的学校之中，这个学校被分为男校和女校两个学部，女学部的秉性的是严肃的传统名门院校的学风，而男学部则崇尚开化和革新。泉户裕理（日野聪配音）就是在男学部就读的一名普通学生，与此同时，

在遥远的过去，因开采无限能源而招来涅伽尔的侵袭、流亡至地球的异星幸存者，为地球创造了神代遗迹及文明并延续至今。当地球面临同样的危机时，封存在遗迹中的巨大机器人苏醒，为了寻找在涅伽尔袭击中下落不明的姐姐