——虽然很突然，但世界已经灭亡了。　　1000年前一度毁灭的地球，由名为“Y”的传说中的时钟技师以时钟装置再构筑而成的世界。　　吊车尾高中生·见浦直人，与“Y”所留下的自动人偶琉珠，以及天才时钟技师少

在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，“未来机关”由原希望峰学园的校长与师生们集结而成了。其中就包括了曾经打倒了江之岛盾子

《希望篇》作为“希望之峰学园系列”完全完结。未来篇：在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，“未来机关”结成了。打倒了江之岛

时值大正十二年，东京的夜晚，那些将会出现。他们是潜藏在黑暗中，啜饮人类鲜血的吸血鬼，在更久远的时代就隐身居住在这个世界。陆军内部创设了第十六特务队来管理他们，通称「零机关」。这个部队是中岛中将为了对抗

一个代号为"机关枪女人"性感女杀手，受雇追杀智利的一名黑帮头领。而黑帮老大则开出高额赏金悬赏机关枪女人的头，一场杀戮之旅即刻开始......

年轻的克劳蒂雅是个艺术品修复师，公司入不敷出，公家机关又欠她酬劳，全靠外婆的退休金撑着。然而外婆突然过世，公司眼看就要破产，走投无路的克劳蒂雅于是和员工合谋，把外婆「冻」起来，好继续领退休金，撑到公家

2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫配音）召集巴特（松田健一郎配音）、陀古萨（新垣樽助配音）等得力